黄巾军是中国东汉末年由巨鹿人张角领导的一支大规模农民起义军，于公元184年甲子年发动起义反抗东汉王朝。黄巾军主力虽被东汉王朝镇压，但残存的黄巾军仍在河北、河南、山东等地继续进行军事活动。黑山军是东汉末年河北的一支农民起义军。黄巾起义军主力被镇压后，在此期间，冀州黑山等地农民纷纷起义，并以各种名义自组军队。黑山军活动区域在中山、常山、昭君、上党、河内等地的太行山脉谷地。黑山位于太行山脉南端，所以史书上称之为黑山军。 正是因为黄巾军和黑山军的存在，仍然严重威胁着地方军阀的统治，所以才爆发了镇压黄巾军和黑山军的军事行动。

第一个阻止黄巾军和黑山军的是河北军阀公孙瓒。据《后汉书·公孙瓒传》记载：初平二年，青、徐两地黄巾三十万进入渤海地区，意图与黑山军会师。公孙瓒率领步骑二万在东广南反攻，大败，斩首三万余人。匪军弃车数万两，渡江逃窜。公孙瓒以一半兵力攻打匪军，匪军再次溃败，死者数万人，血流丹江。俘虏七万余人，车、铠甲财物不计其数，名声大动摇。他被任命为奋武将军，封为蓟侯。 《三国志·公孙瓒传》记载得非常简略：范睢以勃海兵助瓒，大败青、徐两地黄巾军。可见初平二年（公元191年），黄巾军准备与黑山军会师河北地区，却被公孙瓒突然袭击，大败而归。随后公孙瓒趁势追击，在黄巾军渡江之际，将黄巾军击溃。可见公孙瓒成功阻止了黄巾军与黑山军会师，稳定了河北局势，也给了黄巾军巨大的打击。公孙瓒取胜的关键是兵法精良，作战技术好，手下有精锐的白马义勇，所以才打败了战斗力和谋略都欠缺的黄巾军。 公孙瓒击败黄巾军也让他的威望和实力大增，从而促成了之后与袁绍的界桥等大战。

随后，一股黑山军侵入兖州及黄河以南地区，于是兖州的曹操开始反击这股黑山军。据《三国武帝本纪》记载，黑山匪寇于杜、白饶、睢固等叛乱，十余万人侵入魏郡、东郡，王恭无力抵挡。太祖率兵入东郡，攻打濮阳的白饶，将其击败。袁绍于是推荐太祖为东郡太守，统治东武阳。三年春，太祖军在敦丘，杜等攻打东武阳。太祖便率兵西进山中，攻打杜等原营。杜闻讯，弃武阳而回。太祖欲攻打睢固，又攻打内黄的匈奴于扶罗，均被打败。 可见，初平二年（公元191年）和初平三年（公元192年）初，曹操在兖州地区击溃了入侵的黑山军十余万大军。特别是初平三年，曹操进军敦丘追击黑山军，但黑山军却攻打曹操的县城东武阳。面对相对空虚的县城，众将领都认为应该回军自救。但曹操却提出了不同的想法。他说：“孙膑救赵攻魏，耿弇要到西安攻临淄。敌军若闻我西行而归，武阳便可解围；若不归，我可击溃其主营，敌军便无法攻下武阳。”由此可见曹操的战略战术高明。 曹操并未回援东武阳，而是继续西进入山中，攻打黑河山军的根据地。于都于是便放弃了攻打东武阳的想法，回援。曹操趁机击溃了睢固部落和入侵的匈奴于扶罗部落，稳定了兖州的局势。

这年夏天，青州黄巾军百万乘机侵入兖州地区。据《三国武帝本纪》记载，青州黄巾军百万进入兖州，杀死任城相国郑遂，转战东平。刘岱想攻打他们，鲍信劝道：“今贼众百万，民心惶惶，兵无斗志，不可破。见贼众接踵而来，军中无辎重，唯有钱财掠夺，不如留兵力，先守之。欲战而不能战，攻不上来，势必散去，然后选精兵，占据其要害，攻其不备，大败而归。”刘岱没有听从他的劝告，便与他们交战，果然被杀。可见当时兖州形势十分危急。 青州黄巾军大举进犯，相继攻破兖州（治所在昌邑，今山东巨野东南）各郡县，兖州刺史刘岱坚持出战，被黄巾军所杀。

面临群龙无首的局面，济北乡鲍信、陈宫、万谦等迎曹操出任兖州刺史，阻击黄巾军。据《三国武帝本纪》载，他们进兵攻打寿张以东的黄巾军。信奋勇拼搏，战死沙场，大败而归。他们买不起信的葬礼，便刻了一块木片，祭祀哭泣，追赶黄巾军到济北。黄巾军乞降，冬收降兵三十余万，男女一百余万，并收其精锐，号为青州兵。可见曹操先后在寿张以东、济北击溃黄巾军。当年冬，收降兵三十余万，黄巾军一百余万人。 曹操把他们的精锐聚集起来，组成一支军队，称为青州兵。曹操由此稳定了山东，山东也成为曹操争夺天下的根据地。《魏书》记载了曹操大败黄巾军的细节：太祖率领步骑千余人视察战场，终于到达敌营。战况不利，死者数百人，他率领他们退却。贼军正试图向前推进。黄巾军为寇已久，屡战屡胜，兵士个个精锐，力大无比。太祖手下旧兵少，新兵训练不力，全军都心生畏惧。太祖身披铠甲，亲自视察将士，明言赏罚，士兵这才又有了斗志，贼军稍稍退却。 匪徒给太祖写信说：“昔日在济南毁坛，所作所为与中皇太乙无异，似懂非懂，如今更是糊涂了。汉室已亡，黄家当立，天下大运非你一人之才力所能保全。”太祖见信，呵斥了他一番，并给他指明投降之道。随即设下埋伏，昼夜奋战，战死沙场，俘虏了许多人，匪徒才退却。可见当时形势对曹操并不十分有利，曹操首战失利，所部全是新兵，难以抵挡人数众多、势力强大的黄巾军，军心开始不稳。但可见曹操并不畏惧，采取各种措施整顿军队，结果军队焕然一新，战斗力大增。 结果击退了进攻的黄巾军，夺回了战争的主动权。曹操随后拒绝了黄巾军的求和请求，“设奇埋伏，昼夜奋战”，终于击溃了黄巾军。这一战不仅提升了曹操的威名和实力，也展现了曹操高超的军事指挥能力和艺术。

后来，黑山军在冀州叛乱。《后汉书·袁绍传》记载，袁绍打败了黑山军：三月上旬，在波罗津大开宾客会。听说魏郡士兵叛乱，便与黑山匪徒甘都等数万人，攻陷邺城，杀了县令。邺城宾客们惊恐不已，脸色苍白，有的站起来大哭。绍面色平静，不敢有丝毫平常。有匪徒名叫陶胜，自称“平汉将军”，独自反叛匪徒，率兵过西城，封闭了府门，备了重车，载着绍家眷和州内其他人，亲自护送到赤丘。绍回国后，驻扎在赤丘，任命陶胜为建义将军。 六月，邵率军至朝歌鹿昌山苍岩谷口，与甘都大战。围攻五天，大破甘都，斩杀杜氏及其部众一万余人。邵随即北上，穿山而下，攻打山贼左喜张霸等，将他们全部斩首，又攻打刘实、青牛角、黄龙、左啸、郭大仙、李大木、余第根等，斩首数万人，屠杀其驻军全部。随后与黑山匪寇张燕及土阁、雁门乌桓四营在常山交战。燕有精兵数万，骑兵数千。连战十余天，燕兵虽死伤甚多，但邵军也疲惫不堪，便撤退了。 可见，黑山军和魏县叛军一度控制了袁绍统治中心邺城，但面对危机，袁绍依然保持冷静，指挥大军接连击溃黑山军，斩首数万人，击溃了黑山军主力，重新控制了邺城和冀州。

在击败黑山军的过程中，投奔袁绍的吕布也起到了重要作用。据《三国志·吕布传》记载，“吕布北投袁绍，绍与吕布攻张燕于常山。燕有精兵万余，骑兵数千。吕布有一匹良马，名赤兔，常与成廉、魏岳等一同乘马，突围攻阵，遂大败燕军。” 《后汉书·吕布传》也有类似的记载：“吕布得投奔袁绍，绍与吕布在常山攻打张燕。燕有精兵万余人，骑兵数千人。吕布常骑一匹好马，名叫赤兔，能驰过城池，飞过壕沟。他与手下猛将成廉、魏岳等数十名骑兵，驰过燕阵，有时一日三四次，将燕军全部斩杀。连续战斗十余天，燕军大败。”可见，吕布的精锐骑兵在与黑山军作战的过程中，发挥了很大的作用，给张燕部队造成了巨大的伤亡，迫使黑山军撤退，退回山中。

最后，随着袁绍在攻打义京、消灭公孙瓒的过程中，击溃了张燕的黑山军援军，黑山军再无力对河北展开军事活动。建安十年（公元205年）四月，曹操击败袁绍，控制河北，张燕率领十余万百姓投降曹操。曹操封张燕为安国亭侯，封地五百户，并令其率军驻守邺城。黑山军从此退出历史舞台。

黄巾军和黑山军虽然兵力强大，但整体战斗力有限，军事谋略不高，缺乏全局的战略意图。他们基本是移动作战，缺乏稳定的后方基地和充足的物资准备，还要带着家眷，负担很大。再加上他们兵分几路，缺乏统一的领导和指挥，基本是各自为战，严重制约了军事能力。而公孙瓒、曹操、袁绍三军则能集中优势兵力溃败，发动连续进攻，尤其是曹操善于用计谋取胜，这些都是他们击败黄巾军和黑山军的成功因素。并因击败黄巾军和黑山军，扩大了各自的领地和军事实力。